Người Goth và các đồng minh của họ (Vandali, Taifalae, Bastarnae và cư dân Carpi bản địa) chiếm đóng tại tỉnh Dacia và phía đông Tiểu Pannonia là một mối bận tâm của Theodosious. Cuộc khủng hoảng Goth rất nghiêm trọng mà khiến cho vị đồng hoàng đế với ông, Gratian từ bỏ quyền kiểm soát của các tỉnh Illyria và rút tới Trier ở Gaul để cho Theodosius hành động mà không bị trở ngại. Một điểm yếu lớn của La Mã sau thất bại tại Adrianople là việc tuyển dụng các rợ để chống lại các tộc man rợ khác. Để xây dựng lại quân đội La Mã của phía Tây, Theodosius cần thiết phải tìm được binh lính và do đó, ông quay sang những người có khả năng nhất trong tay mình lúc này: các rợ dân gần đây định cư trong đế quốc. Điều này gây ra nhiều khó khăn trong cuộc chiến chống lại rợ khi những chiến binh mới được tuyển dụng đã có ít hoặc không có lòng trung thành với Theodosius.

Theodosius I đã giảm sự tốn kém của việc chuyển những tân binh được chiêu mộ của ông đến từ Ai Cập và thay thế họ bằng những người nhiều kinh nghiệm hơn người La Mã, nhưng vẫn còn thiếu trung thành mà kết quả là những thất bại quân sự. Sau đó Gratianus đã phái binh tướng đến để xóa bỏ các khu định cư tại Illyria (Pannonia và Dalmatia) của người Goth, và Theodosius I cuối cùng đã có thể trở về thủ đô Constantinopolis ngày 24 tháng 11 năm 380, sau hai năm trên chiến trường.Hiệp ước cuối cùng với lực lượng còn lại của người Goth, đã được ký kết vào ngày 03 tháng 10 năm 382, cho phép một lực lượng lớn chủ yếu là dân Đông Goths định cư dọc theo biên giới phía nam sông Danube ở tỉnh Thrace.

Bây giờ những người Goth định cư trong đế chế, như là kết quả của các điều ước, họ phải tham gia nghĩa vụ quân sự để chiến đấu cho những người La Mã như là một đội quân quốc gia riêng biệt, đối lập với việc tham gia vào lực lượng quân sự La Mã [18]. Tuy nhiên, nhiều người Goth sẽ phục vụ trong những quân đoàn La Mã và những người khác, như là foederati, trong một chiến dịch đơn lẻ, trong khi những nhóm dân Goth khác chuyển đổi lòng trung thành của mình và trở thành một yếu tố gây bất ổn trong cuộc đấu tranh nội bộ để kiểm soát đế chế.

Trong năm 390, dân cư vùng Thessalonica nổi dậy chống lại lực lượng đồn trú người Goth. Các chỉ huy quân đồn trú đều bị giết trong cuộc xô xát. Để trả đũa, Theodosius sử dụng lính Goth tàn sát tất cả các khán giả trong trường đua của Thessalonica; Theodoret, một nhân chứng đương đại ghi lại sự kiện này:

... cơn giận của Hoàng đế lên cao tột độ, và ông làm thỏa mãn sự khát khao trả thù cay độc của mình bằng việc chém giết tất cả mọi người, kể cả người vô tội lẫn có tội, một cách điên cuồng nhất và phi lý nhất. Người ta nói có 7 nghìn người đã bị giết mà tuyệt đối không thông qua bất kỳ hình thức xét xử của luật pháp, thậm chí không cần phán quyết nào của tòa án; họ bị chém hàng loạt như bông lúa bị người nông dân cắt trong mùa thu hoạch.[19]

Do vụ thảm sát tàn bạo này mà Theodosius bị giám mục Milano là Thánh Ambrose phạ vạ tuyệt thông.[20] Ambrose yêu cầu Theodosius phải sám hối liên tục giống như vua David sau khi giết Uriah để cướp vợ ông này là Bathsheba. Phải sau nhiều tháng sám hối, Theodosius mới được nhận lại vào cộng đồng Ki-tô giáo.

Trong những năm cuối Triều đại của Theodosius, một trong những nhà lãnh đạo mới nổi của những người Goth, tên là Alaric, tham gia chiến dịch của Theodosius chống lại Eugenius năm 394, chỉ để bắt đầu những hành động nổi loạn chống lại con trai của Theodosius và là người kệ vị phía đông, Arcadius, ngay sau khi Theodosius qua đời.